Sin embargo, en 1809 comenzaron los movimientos de insurrección. La ausencia del rey y la dominación francesa de la Península motivaron levantamientos que solicitaban la separación de las colonias y la defensa de la monarquía frente a los invasores franceses. Los ecos de la revolución de Quito se sintieron en el virreinato, cuando Camilo Torres Tenorio propuso apoyar a los quiteños. Se organizó una junta que pronto se disolvió, lo que dejó en claro las diferencias entre los criollos y los españoles, pues los primeros no tenían igualdad de representación. Esto impulsó a Camilo Torres a escribir, en noviembre de 1809, el Memorial de Agravios, en el cual defendía el derecho de los criollos a participar en el gobierno y a tener las mismas oportunidades. Para 1810, este documento sirvió como base ideológica a los movimientos de independencia de las diferentes provincias del virreinato.